最近増えてきた縦長動画を、縦長動画としてエンコードする場合の設定です。

エンコード設定画面にて
320x180 や 640x360 640x480などお好みの解像度を指定します。
「強制縦長出力(通常は指定しないでください)」チェックボックスをチェックします。
これで、320x180は、 180x320の縦長解像度でエンコードされ出力されます。

これだけですが、まずは縦長解像度が正しく再生されるかテストしてください。
アスペクト比固定のチェックボックスを外します。
自動ｸﾛｯﾌﾟ(おまかせｸﾛｯﾌﾟ) のチェックボックスを外します。
テスト再生なのでエンコード終了時間を30秒などにしてエンコ時間を節約
これで再生できるか試します。
うまく再生できたら、お好みに合わせて解像度を変えるなり、外したアスペクト比固定や自動クロップをOnにします。

注意としては、複雑な設定はエンコード失敗になります。回転と反転とかコントラストや彩度の設定などです。

元動画のメタデータによっては自動クロップもアスペクト比固定が失敗して変な動画になったり失敗します。
この場合は自動クロップなどはチェックを外します。

このエンコード設定を保存して、エンコ予約などで横長解像度の動画に適用するとエンコードを失敗しますので注意してください。